Lilja Rupprecht, geboren 1984 in Hamburg, war von 2005 bis 2009 Regieassistentin am Thalia Theater Hamburg. Dort inszeniert sie Harold and Maude von Colin Higgins. Ab 2009 studierte sie Regie an der Hochschule für Schauspielkunst Ernst Busch in Berlin. Am Deutschen Theater Berlin inszeniert sie u.a.  Lenz von Georg Büchner (2012), Jules und Jim nach Henri-Pierre Roché (2013) und Hundeherz nach Michail Bulgakow (2016). Weitere Produktionen folgten u. a. mit Caligula von Albert Camus (Volkstheater München, 2015), Groß und Klein von Botho Strauß (Schauspiel Köln, 2016), Mary Page Marlowe von Tracy Letts (Schauspiel Köln, 2017) sowie Amerika nach Franz Kafka (Schauspiel Stuttgart, 2018), und Jeff Koons von Rainald Goetz (Schaubühne Berlin).

Ruppecht arbeitet immer wieder mit Menschen mit Beeinträchtigungen zusammen. So inszenierte sie 2018 Die Frau vom Meer nach Henrik Ibsen und Die Ratten von Gerhart Hauptmann  am RabaZambaTheater Berlin. Zusammen mit Spieler:innen des RambaZambaTheaters und des Deutschen Theaters brachte sie 2019 im DT Antigone von Sophokles auf die Bühne.

Lilja Rupprecht verbindet eine langjährige Zusammenarbeit mit dem Autor Thomas Melle. 2019 übernahm Rupprecht die Regie der Uraufführung von  Überwältingung  von Thomas Melle bei den Nibelungenfestspielen in Worms. Im gleichen Jahr brachte Rupprecht Melles Stück Ode am Deutschen Theater auf die Bühne. 2022 führte sie eben dort bei Melles Adaption von Hermann Hesses Der Steppenwolf Regie.
Für das Thalia Theater inszenierte Lilja Ruppecht zuletzt Der zerbrochene Krug. In der Spielzeit 26/27 bringt sie am Altstertor Die Vegetarierin nach dem Roman des koranischen Autos Han Kang auf die Bühne.